16 июля 1999 года на базе 12 отдела Управления экономической контрразведки ФСБ России и 3 отдела Службы по борьбе с незаконными вооруженными формированиями и бандитизмом Управления ФСБ России по г. Москве и Московской области была сформирована Служба Специальных Операций (ССО), позднее переименованная в Управление.
Одно из подразделений ЦСН ФСБ, активно принимающее участие в борьбе с терроризмом. Его основное назначение — работа по незаконным вооруженным формированиям, преступным авторитетам, торговцам оружием и наркобаронам.
